公元4世紀，東晉的葛洪在《肘后備急方》中記載將糞便懸液治療食物中毒或嚴重腹瀉：“飲糞汁一升，即活。”
1596年，明代的李時珍在《本草綱目》中記載用發酵糞便的上清液、新鮮糞汁和兒童糞便來治療嚴重腹瀉、發熱、腹痛、嘔吐及便秘。
2013年，美國食品和藥品管理局（FDA）規定將腸菌移植納入研究型新藥管理，同時腸菌移植被列入美國臨床醫學指南，并入選當年美國時代雜志“世界十大醫學突破”。截至2020年12月17日，美國臨床試驗數據庫網站https://www.clinicaltrials.gov顯示的腸菌移植（FMT）治療各種疾病的注冊臨床試驗達到了303項。
2013年11月，中央電視臺首次對我國成功運用FMT技術成功治療疾病的案例進行了報道。我國目前已有江蘇、安徽、四川、廣東、山東、山西、上海、河南等多個省份將FMT作為醫療服務列入醫療收費目錄。
