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人的胃腸道內寄居著種類繁多的微生物，這些微生物稱為腸道菌群。健康成人腸道菌群由超過2000種細菌組成，數量達100萬億個。
這一龐大的微生物群寄居在人的腸道內，分工有序地調節著人體免疫、代謝、神經調節及提供營養、能量，甚至防御各種病原體的侵犯，形成人的“腸道微生態系統”。